Действие разворачивается в будущем, где человечество освоило межзвёздные перелёты. После войны с расой гигантов Зентради люди сосуществуют с другими инопланетными цивилизациями. Главный герой Алто Сайянаги стремится стать пилотом и мечтает о полётах в космосе. Его жизнь меняется после встречи с популярной певицей Шерил Ном, прибывшей на колонию Макросс Фронтир для концерта. Вскоре колония подвергается атаке неизвестных космических кораблей. Алто вместе с друзьями присоединяется к обороне, чтобы

Шиничи Кудо стал свидетелем разборок между представителями мафиозных структур. Злоумышленники задержали его и заставили принять неизвестную таблетку. После употребления препарата Кудо потерял сознание. Придя в себя, он обнаружил, что его тело уменьшилось до размеров семилетнего ребенка. Герой принял решение разобраться в произошедшем и переехал к отцу, который возглавлял частное детективное агентство. Внешность ребенка позволяла Кудо оставаться незамеченным для преступников, которые продолжали

Коута проживает в сельской местности, но переезжает в город для продолжения обучения. Главный герой отличается застенчивостью и скромностью, ранее не имел романтического опыта и не проявлял интереса к отношениям. После перевода в новую школу он привлекает внимание старшеклассницы по имени Тидзура. Девушка демонстрирует настойчивый интерес к Коуте, открыто заявляя о желании сделать его своим парнем. Тидзура ведет себя напористо: она ожидает Коуту после уроков и не скрывает своих намерений,

После падения метеорита на Земле появились существа, получившие название "Фантомы". Исследования показали, что эти сущности являются душами погибших обитателей уничтоженных миров. Фантомы перемещаются по поверхности планеты, причиняя разрушения и вызывая гибель людей. Природа их появления связана с потерей родных планет, однако точные мотивы их действий на Земле остаются неясными. Некоторые города и поселения смогли организовать защиту от Фантомов с помощью высоких технологий и